چمران همواره نسبت به امام موسی صدر و داستان ربایش او توسط قذافی حساس بود. چندی پیش دست نوشته ای از او منتشر شد که احساسات خود را نسبت به آمدن معاون قذافی به ایران نشان می دهد. در آن روزها آیت الله منتظری و اطرافیان ایشان در واحد نهضت ها سعی در ارتباط وثیق با لیبی داشتند. 

وی در این نوشته می نویسد: «معمر قذافی رئیس دولت لیبی، با کمال بی‌شرفی و بی‌انصافی، هفت ماه پیش رهبر شیعیان لبنان را دزدیده است. دلایل متقن بر این حقیقت وجود دارد و همه دولت‌های مرتبط نیز بر این قضیه گواهی می‌دهند. ...چه کسی است در عالم که به جرم لیبی در نابودی موسی صدر آگاه نباشد؟ و تازه اگر کسی تردید داشته باشد، باید تحقیق کند؛ و در حالت شک صلاح انقلاب ایران نیست که خود را به چنین جنایتکارانی آلوده نماید....[امام] بارها درخواست زیارت معمر قذافی را به ایران رد کرده‌اند؛ و دولت ایران نیز بارها درخواست تجدید روابط دو دولت را موکول به بازگشت موسی صدر کرده است. چطور یک‌باره خبر تجدید روابط با لیبی انتشار می‌یابد و جلود معاون معمر قذافی رهسپار ایران می‌شود؟ مگر تغییری در برنامه و خط مشی بوجود آمده است؟ یا مگر آدم‌دزدی و یا آدم‌کشی دیگر جرم نیست؟راستی حرام است که طهارت انقلاب ما به کثافات این جنایت‌کاران آلوده گردد. »

لازم است به این نکته توجه کنیم که امام همواره نسبت به داستان قذافی حساس بودند و هرگز او را نپذیرفتند و به شهادت سفیران وقت جمهوری اسلامی به طور مستمر به دنبال حل این نکته لا ینحل بودند. 

چمران سرانجام در سی و یک خرداد سال ١٣٦٠ به آرزوی خود رسید و شاهد شهادت را در آغوش گرفت. امام در روز بعد در سخنانی درباره او فرمودند: «چمران در این دنیا شرف را بیمه کرد و در آن دنیا هم رحمت خدا را بیمه کرد؛ ما و شما هم خواهیم رفت. مثل چمران بمیرید.»

از داستان زندگی چمران که بگذریم یک نکته در مورد این شهید سعید، به طور پر رنگ  به چشم می خورد و آن اینکه رابطه شهید چمران با امام محبتی دو جانبه بوده است. به گونه ای که او امام را مراد بی بدیل خویش می دانست و امام هم چمران بسیار دوست می داشته و امین خود می دانسته است. 

برادر شهید در ضمن خاطره ای به این محبت دو جانبه اشاره می کند: «یک روز حاج احمد آقا از دفتر امام به ستاد جنگهای نامنظم در اهواز تلفن کردند و گفتند که امام می‌‌فرمایند: «دلم برای دکتر چمران تنگ شده است بگویید به تهران بیاید.» دکتر که در آن روزها در منطقه سوسنگرد از ناحیه پا مجروح شده بود، پس از شنیدن این پیام راهی تهران شد و به محضر امام شرفیاب گردید. در معیت ایشان نقشه‌‌ ها و کالکهای منطقه عملیاتی را به خدمت امام بردیم. دکتر از ناحیه پا ناراحتی داشت و نمی‌توانست پایش را جمع کند و دو زانو بنشیند اما به احترام امام که به او عشق می‌‌ورزید در مقابل ایشان دو زانو نشست و در حالی که فشار زیادی را متحمل می‌‌شد شروع به توضیح و توجیه نقشه‌ ها کرد. امام با فراست خاصی که داشتند متوجه ناراحتی دکتر شده و فرمودند: «آقای دکتر پایتان را دراز کنید و راحت باشید.» دکتر عرض کرد راحت هستم. امام فرمودند: «می‌گویم پایتان را دراز کنید.» دکتر به احترام امام نپذیرفتند و عرض کردند دردی احساس نمی‌کنند. دو مرتبه امام با لحن خاصی  فرمودند: «می‌گویم پایتان را دراز کنید و راحت بنشینید» که لاجرم او هم پذیرفت. پس از اینکه دیدار به اتمام رسید، امام که آماده رفتن به حسینیه جماران برای دیدار با مردم  بودند فرزند خود حاج احمد آقا را که وسط حیاط منزل ایستاده بود صدا کردند و به او فرمودند: «احمد، احمد!» ولی حاج احمد آقا در داخل حیاط بود و صدای امام را نمی ‌شنید بنده او را از داخل ایوان صدا کردم و گفتم که امام شما را صدا می‌‌زنند حاج احمد آقا خدمت امام که رسیدند. آقا به او فرمودند: «این میزها را که گذاشته‌ اید، آقای چمران با پای زخمی که نمی‌ تواند از روی آنها رد شود. اینها را بردارید و راه را باز کنید.(بین اتاق امام و دری که به درون حسینیه باز می‌‌شد و از سطح زمین فاصله داشت میزهایی چوبی به هم چسبانیده بودند. این میزها تراس جلوی اتاق امام را یک راست به حسینیه متصل می‌‌کرد و حیاط کوچک منزل امام را نصف کرده عملاً عبور از سمتی به سمت دیگر را غیرممکن می‌نمود. [برداشتهایی از سیره امام، جلد 2،ص204 ]

به نظر من، توجه ویژه امام به چمران و شاید درخواست ایشان مبنی بر آمدن از جبهه و ملاقات با امام ـ چنانکه در خاطره بالا مورد اشاره قرار گرفتـ و گویا چند روز قبل از شهادت وی بوده ، بیشتر به علت برخوردی بوده که در آن روزها با جریانات منتسب به بنی صدر می شده و شاید امام احتمال می داده اند به علت آنکه شهید چمران از اعضای نهضت آزادی به شمار می آمده ، خدای نکرده آماج حملات نابخردانه ی برخی تندروها قرار گیرد. و لذا می خواسته اند با استمالت(دلجویی) و اعلان رسمی خبر این دیدار، دشمنان ایشان را که از داستان لیبی تا قضایای مجلس و جنگ با او اختلاف داشتند، خلع سلاح کنند. 

مهدی چمران همچنین در جای دیگر،  به نگاه چمران به امام اشاره می کند و می گوید:« شهید دکتر چمران همیشه در توصیف امام می‌گفت که: با بسیاری از رهبران بزرگ دنیا آشنائی کافی داشته وحتی با برخی از آنها از نزدیک ارتباط داشته است. افرادی مثل جمال عبدالناصر، بومدین، رهبران فلسطین، انقلابیون خاورمیانه و سایر نقاط دنیا و با بسیاری از آنها بحث‌ها و گفتگوهای طولانی هم داشته است، اما هیچ یک با امام قابل مقایسه نبودند. دکتر اهل تملق و تعریف بی جا نبود و برای کسی هم این حرف‌ها را نمی‌زد و اگر این حرف را درباره امام می‌زد، از روی آگاهی و تجربه زیاد بود.»

و آخرین بند این نوشتار سخن پیر و مراد ملت ایران است  که در شهادت چمران می نویسد:«چمران عزیز با عقیده پاک خالص غیروابسته به دستجات و گروه‌‌های سیاسی، و عقیده به هدف بزرگ الهی، جهاد را در راه آن از آغاز زندگی شروع و به آن ختم کرد. او در حیات، با نور معرفت و پیوستگی به خدا قدم نهاد و در راه آن به جهاد برخاست و جان خود را نثار کرد. او با سرافرازی زیست، و با سرافرازی شهید شد و به حق رسید. هنر آن است که بی‌‌هیاهوهای سیاسی، و «خودنمایی»های شیطانی، برای خدا به جهاد برخیزد و خود را فدای هدف کند نه هوی، و این هنر مردان خداست. او در پیشگاه خدای بزرگ با آبرو رفت. روانش شاد و یادش بخیر.»