برخی مراکز تخصصی و مؤسسات وابسته به حوزه علمیه قم

1.    مرکز تخصصی امام خامنه‌ای
2.    مرکز تخصصی امام خمینی – مشاوره اسلامی
3.    مرکز تخصصی امامت اهل بیت
4.    مرکز تخصصی ائمه اطهار
5.    مرکز تخصصی آل یاسین
6.    مرکز تخصصی باقرالعلوم
7.    مرکز تخصصی تبلیغ
8.    مرکز تخصصی تفسیر و علوم قرآن
9.    مرکز تخصصی حضرت مهدی
10.    مرکز تخصصی حقوق و قضای اسلامی
11.    مرکز تخصصی دارالاعلام
12.    مرکز تخصصی دارالهدی
13.    مرکز تخصصی دین پژوهی علوی
14.    مرکز تخصصی شیعه شناسی
15.    مرکز تخصصی صادقین
16.    مرکز تخصصی علوم حدیث
17.    مرکز تخصصی امام علی بن ابی طالب
18.    مرکز تخصصی فلسفه اسلامی
19.    مرکز تخصصی کلام اسلامی
20.    مرکز تخصصی مدیریت اسلامی
21.    مرکز تخصصی مذاهب اسلامی
22.    مرکز تخصصی معارف اهل بیت
23.    مرکز تخصصی موعود
24.    مرکز تخصصی نهج البلاغه
25.    مؤسسه آموزش عالی حوزوی اسراء
26.    مؤسسه آموزش عالی حوزوی امام رضا
27.    مؤسسه آموزش عالی حوزوی تربیت مدرس
28.    مؤسسه آموزش عالی حوزوی خاتم النبیین
29.    مؤسسه بین المللی مطالعات اسلامی
30.    مرکز تخصصی (کلام) ائمه اطهار
31.    مرکز تخصصی فقه و حقوق ولیعصر
32.    مرکز تخصصی تمدن نوین اسلامی
33.    مرکز آموزش تخصصی شیعه‌شناسی حوزه علمیه قم
34.    مرکز تحقیقات طب اسلامی امام صادق (علیه‌السلام)
35.    مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی- نور
36.    مرکز فقهی ائمه اطهار (علیهم‌السلام)
37.    مرکز مطالعات و پاسخگویی به شبهات حوزه علمیه
38.    مرکز مطالعات و پژوهش‌های فلکی ـ نجومی
39.    دفتر نمایندگی مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (قم)
40.    مؤسسه آل البیت ـ احیاء التراث
41.    مرکز جهانی اطلاع رسانی آل البیت
42.    مؤسسه معصومین
43.    بنیاد اندیشه دینی و مطالعات توسعه
44.    بنیاد فرهنگی پیام اسلام
45.    مؤسسه فرهنگی ـ هنری نسیم اندیشه
46.    پژوهشکده نظامهای سیاسی اسلام
47.    مرکز اسناد انقلاب اسلامی (قم)
48.    مؤسسه تحقیقاتی لواء
49.    مؤسسه پژوهشی علوم و معارف اسلامی
50.    مرکز مطالعات و پاسخگویی به شبهات
51.    مؤسسه پژوهشی علوم و معارف اسلامی ـ پژوهشکده اندیشه سیاسی اسلام
52.    مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران
53.    مؤسسه احیای طب طبیعی
54.    مکتب الموسوی الاسلامیه
55.    مرکز مطالعات و پژوهشهای فلکی ـ نجومی
56.    مرکز تحقیقات علمی دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری
57.    مرکز تحقیقات طب اسلامی امام صادق
58.    مرکز احیای میراث اسلامی
59.    مرکز آموزشی مدیریت دولتی قم – معاونت حوزه تحقیقات اندیشه‌های اسلامی در مدیریت
60.    دبیرخانه جشنواره علمی ـ تحقیقی شیخ طوسی (ره)
61.    خانه فرهنگی الزهرا
62.    کانون نویسندگان و فضلای قمی حوزه علمیه قم
63.    پژوهشکده تحقیقات اسلامی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی
64.    پژوهشکده باقرالعلوم
65.    مرکز مطالعات و تحقیقات حوزه نمایندگی ولی فقیه در وزارت جهاد کشاورزی
66.    معاونت امور فرهنگی مسجد مقدس جمکران
67.    مؤسسه آیت الله بروجردی
68.    پژوهشکده نظامهای اسلامی
69.    مرکز پژوهشهای اسلامی صدا و سیما
70.    پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی
71.    پایگاه اطلاع رسانی سراسری اسلامی (پارسا)
72.    شبکه اطلاع رسانی دانا فجر
73.    شبکه جهانی اطلاع رسانی نور
74.    شبکه گسترش اطلاعات فرهنگی رافد
75.    مرکز تحقیقات اسلامی جانبازان
76.    مؤسسه پژوهشی عروه الوثقی
77.    مؤسسه پژوهشی ـ انتشاراتی مجمع ذخایر اسلامی
78.    مؤسسه اسلامی جهانی تبلیغ و ارشاد
79.    مؤسسه پژوهشی علوم ومعارف اسلامی ـ واحد پاسخ به پرسشهای مذهبی
80.    مؤسسه مسجد
81.    مؤسسه گفتگوی سازمانی
82.    مؤسسه پژوهشی علوم و معارف اسلامی ، واحد ادبیات عرب
83.    مؤسسه فرهنگی ـ پژوهشی حسنات
84.    مرکز فرهنگی و اطلاع رسانی نورالاسلام
85.    دفتر تحقیقات و تدوین متون درسی
86.    سازمان حوزه‌ها و مدارس علمیه خارج از کشور
87.    مجتمع علمی و آموزشی علوم اسلامی خواهران حوزه علمیه قم (جامعه الزهرا)
88.    مرکز آموزش تخصّصی تبلیغ
89.    مرکز آموزش تخصّصی مبلّغان خارج از کشور
90.    مرکز ادبی حوزه
91.    مرکز جهانی علوم اسلامی
92.    پژوهشکده حوزه و دانشگاه
93.    انتشارات دفتر تبلیغات اسلامی
94.    اندیشه سرای شمیم

مراکز زیر نظر حوزه‌های علمیه، خراسان، تهران، اصفهان، شیراز و... و مراکز زیر نظر آیات عظام و حجج اسلام الی ما شاءالله!!!